False discovery rate estimation for cross-linked peptides identified by mass spectrometry

Thomas Walzthoeni, Manfred Claassen, Alexander Leitner, Franz Herzog, Stefan Bohn, Friedrich Förster, Martin Beck, Ruedi Aebersold

Publikation: Beitrag in FachzeitschriftArtikelBegutachtung

Abstract

The mass spectrometric identification of chemically cross-linked peptides (CXMS) specifies spatial restraints of protein complexes; these values complement data obtained from common structure-determination techniques. Generic methods for determining false discovery rates of cross-linked peptide assignments are currently lacking, thus making data sets from CXMS studies inherently incomparable. Here we describe an automated target-decoy strategy and the software tool xProphet, which solve this problem for large multicomponent protein complexes.

OriginalspracheEnglisch
Seiten (von - bis)901-903
Seitenumfang3
FachzeitschriftNature Methods
Jahrgang9
Ausgabenummer9
DOIs
PublikationsstatusVeröffentlicht - Sep. 2012
Extern publiziertJa

Fingerprint

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